이세돌은 친목단체인 프로기사회에 불합리한 권한이 부여되어 있다며 이를 거부하겠다고 밝혔다. 이세돌이 문제 삼는 것은 두 가지 내용이다.

기사회에 소속된 기사만이 한국기원에서 개최하는 대회에 참가할 수 있다고 규정된 점.

기사회에서 대회 상금을 일률적(3~5%)으로 공제하는 점.[41]

또한, 추가로 한국기원이 아닌 중국기원에서 개최하는 대회의 상금도 공제한다는 점도 문제 삼았다.

이세돌은 기사회를 탈퇴하면서도, 대회에는 참가하겠다는 입장이며, 이것이 문제가 될 경우 법적 소송까지 불사하겠다고 밝혔다. 참고로, 엄밀히 말하면 한국기원과 프로기사회는 다른 조직이며, 이세돌은 한국기원에서 탈퇴하겠다는 것은 아니다. 야구와 비교하면 한국기원은 대한야구협회, 기사회는 선수협에 견줄 수 있는 단체다. 이세돌이 지적하는 점은 이 기사회가 한국기원처럼 행세한다는 것에 맞추어져 있는 셈이다. 특히 이세돌이 문제삼은 내용 중에서 '기사회에서 대회 상금을 일률적(3~5%)으로 공제하는 점'은 회사로 따지면 권한있는 자가 걷는 세금으로 모자라 노동조합까지 세금을 뜯어가는 것과 동일하다. 분노를 안하는 게 이상하다.[42] [43]단, 이세돌 측에서는 한국기원에서 걷는 발전기금 10%에 대해서는 계속 납부하겠다는 뜻을 분명히 했다.

양건 프로기사회 회장의 인터뷰 내용을 살펴보면, '공제' 부분은 관행적인 것이며, 논의 가능하다고 한다. 기사에 달린 네티즌들 반응은 "기껏 열심히 해서 상금 땄더니 왠 꼰대가 상금 5% 내놓으라고 한다" 등 프로기사회에 부정적인 내용이 대부분이었다. 인터넷 여론은 거의 이세돌을 지지하는 쪽이다. 또한 불합리한 관행에 대해서 이전에도 그렇게 이루어졌으니 그냥 참으라는 식의 말을 하는 건 비논리적인 보상심리이기도 하다. 

현재 프로기사회는 7년 전처럼 이세돌에게 강경하게 징계를 내리기 어렵다는 예상이 많다. 일단 7년 전 휴직사건과 비교해서 이세돌 9단의 위상이 크게 달라졌으며, 명분 또한 충분하다. 이세돌 9단이 제 2의 전성기를 맞이했다는 평이 많지만 나이가 적지 않기 때문에 한계가 존재할 것이고, 본인으로서는 기사회와 마찰을 일으키지 않고 나이가 든 후 연금을 받는 것이 더 이익이기 때문에 후배기사들을 위한다는 측면에서 큰 공감을 받고 있다. 게다가 이세돌 9단과 형 이상훈 9단이 이미 법무법인과 접촉하였기 때문에 법적으로도 충분한 준비가 되어 있는 듯 하다.[44][45]

일각에서는(특히 바둑계 관계자들) 이세돌의 기사회 탈퇴에 대해 자신의 금전적인 이득을 이유로 다른 기사들의 생활에 대해 생각해 주지 않는 이기적인 모습이라던가, 알파고와의 대결로 유명해져 멋대로 행동한다는 평도 존재한다. 하지만 이세돌이 지금껏 보여준 행동에 비추어 생각해 볼 때 단순히 돈만 안다고 하기에는 어폐가 있는 것이, 이세돌은 2008년 쓰촨성 지진 당시 TV 아시아배 우승 상금을 전액 기부[46]했고, 중국바둑리그 활동 시 자신이 주장으로 활약하여 을조에서 갑조로 승격시킨 광시 팀의 성적이 떨어져 다시 을조로 강등되자 책임감을 느껴 승리수당을 전혀 받지 않고 팀이 다시 갑조로 승격될 때까지 팀원들을 가르치겠다고 선언했던 적이 있다. 돈보다 중요한 것이 있다고 판단할 때는 굳이 금전에 얽매이지 않은 듯 하다. 그리고 프로기사회 연금은 40세부터 받는데, 이세돌의 나이는 33세이다. 21년동안 프로기사 생활을 해 온 이세돌의 입장에서는 앞으로 기사회에 낼 돈보다는 돌려받을 수 있는 돈이 더 많을 것이기 때문에 나서지 않는 것이 이득이다. 그리고 이세돌은 알파고와의 대결로 유명세를 얻기 한참 전부터 불합리한 바둑계의 관행을 개선하기 위해 노력해 왔다.(다만 그 방식이 지나치게 강경하다는 비판은 많이 있었다.) 따라서 이제 와서 멋대로 행동한다고 볼 수도 없다. 그리고 평상시에도 한국 바둑이 인기가 없는 것에 대해 바둑인으로서 책임 통감한다는 인터뷰도 자주 하였기에 이번 행동도 진정으로 바둑계를 위하는 측면에서 행한다고 보는 것이 맞을 것이다. 

5월 20일에는 맥심커피배 시상식에 참가하여 양건 프로기사회 회장과 만나고, 인터뷰도 하였다. 

관련기사 기사 내용을 보면 이세돌은 프로기사회와 대화는 하겠지만, 풀어나가기 쉽지 않을 것이라고 했다. 또한 기사회 적립금 문제는 일부에 불과하며 기사회 정관에는 이루 말로 할 수 없을 정도로 비상식적인 것들이 많아 완전히 뜯어고쳐야겠다고 생각했다고 한다. 이전에도 계속 고치려고 노력하였음에도 불구하고 개선되지 않자 초강경 대응에 나섰다고. 적립금을 바둑 보급 및 발전에 사용했다는 기사회장의 발언에 대해서는 전혀 그렇지 않으며, 은퇴 위로금을 모으는 것뿐이라고 했다. 앞으로의 계획에 대해서는 정관을 완전히 뜯어고치거나, 그렇지 않으면 현재의 기사회를 와해하고 새로운 기사회를 창립하겠다고 밝혔다. 프로기사회 측에서는 자세한 정관에 대해서도 공개할 수 없으며, 적립금 사용 내역도 공개하지 않겠다고 했다. 

10번기 이후부터 탈퇴를 계획하고 있었으며, 세계대회 우승을 하고 나서 탈퇴를 하려고 했으나 마침 알파고와의 대결로 유명해진 지금이 적기라 탈퇴를 결심하였다고. 몽백합배 당시 일생일대의 대결이며 반드시 승리할 수 있도록 노력하겠다고 지인들에게 말했다고 하는데, 우승이 좌절되고 나서 느꼈던 아쉬움은 단순히 어린 천적 커제가 자신에게 걸어오는 도발을 바둑으로서 쳐내지 못했다는 승부사로서의 감정뿐만이 아니라 이렇게 자신의 의견을 표명할 기회가 날아간 것에 대한 안타까움이 같이 있었던 듯 하다.

다만 프로기사회 회장 양건이 개혁파이고, 회장이 되기로 한 계기가 2009년 이세돌 휴직사태임을 고려할 때 원만히 해결될 가능성이 아예 없는 것은 아니다. 앞으로의 귀추를 주목해 볼 수 있을 듯. 서로 대화로 합의점을 찾기로 했다. 

이렇게 어수선한 상황에서도 한국바둑리그에 참가하여 백홍석과의 대결에서 승리해 9연승을 이루어냈다. 연승이 바로 깨질 것이라는 우려가 많았는데 불계승으로 끝났다.