기본메뉴
Game Start – 게임을 시작한다. 난이도 조절은 여기서 가능.
Extra Start – 엑스트라 스테이지를 시작한다. 노컨티뉴 클리어한 기체만 가능.
Practice Start – 원하는 기체의 원하는 스테이지를 골라 연습할 수 있다.

단, 한 번이라도 진입한 스테이지만 가능. 전작과는 다르게 진입만 해도 플레이 가능하다.
Spell Practice – 작중 나오는 스펠카드를 연습한다.

특정 조건을 만족시킬 경우 게임 내엔 등장하지 않지만 더 어려운 난이도인 오버드라이브를 선택할 수 있다.
오버드라이브는 일부 스펠에만 있는데, 모든 난이도에서 해당 스펠을 겟하면 등장한다.
Replay – 게임을 클리어 했을 때나 게임오버 됐을 때 리플레이를 저장할 수 있는데, 그 때 저장한 리플레이를 본다.
리플레이 파일은 [유저폴더/AppData/Roaming/ShanghaiAlice/th13] 안의 replay폴더에 th13_01.rpy하는 식으로 저장된다(윈도우7 기준).
리플레이를 볼 때 Ctrl을 누르면 재생이 빨라진다. 보고 싶은 부분이 스테이지 뒤쪽에 있을 경우 유용하다.
Player Data – 하이스코어 및 스펠카드 획득기록을 본다. 그 외에 기체별 플레이타임 등도 확인 가능.
좌우로 기체 변경, 상하로 난이도 변경, Z로 스펠목록 확인.
Music Room – 음악실. 게임 내에 사용된 음악을 들어볼 수 있다. 코멘트도 있음.
Option – 옵션 조작.
Manual – 매뉴얼을 본다. 이것저것 꽤 자세히 쓰여있다.
Quit – 게임을 끈다.

옵션
BGM Volume – %로 BGM볼륨을 정한다.
SE Volume – %로 효과음 볼륨을 정한다.
Key Config – 패드 사용시 버튼을 설정하는 곳.
Default – 초기상태로 되돌리기.
Quit – 옵션에서 나간다.

조작법
↑↓→← : 이동.
Z : 샷. 누르고만 있어도 나감.
X : 봄(스펠카드). 사용시 무적이 되고 강한 공격을 한다.

미스나고 짧은 시간 내에 봄을 사용하면 잔기를 잃지 않고 봄을 쓸 수 있는데, 이를 피탄봄이라 한다.
C : 영계 트랜스. 왼쪽 아래의 트랜스 게이지(해골과 영혼 모양)가 꽉 찼을 때만 사용 가능.

사용시 무적이 되고 샷이 강해지고 이동속도가 빨라지며, 신령 아이템의 효과가 상승한다.
또한 지속시간 내엔 신령아이템이 사라지지 않는다. 피탄봄처럼 미스가 났을 때 타이밍을 잘 맞춰 사용하면 미스를 무효화 할 수 있다.
게이지가 한 칸 이상 있을 때 미스를 내도 발동하는데, 이 경우엔 지속시간이 끝나면 잔기를 잃게 된다.
왼쪽 Shift : 누르고 이동하면 저속이동 가능. 저속과 고속을 오가느라 연타하다 보면 고정키가 뜰 수 있으니 주의.
왼쪽 Ctrl : 대화 빠르게 넘기기.
P : 스크린샷. [유저폴더/AppData/Roaming/ShanghaiAlice/th13]에 있는 snapshot에 th000.bmp하는 식으로 저장된다.
F10 : 윈도우/풀스크린 전환 및 창크기 조절.
ESC : 포즈. R을 누르면 다시 시작, Q를 누르면 바로 끌 수 있다. 직접 항목을 선택해도 됨.
포즈상태에서 왼쪽+C+Shift를 눌러도 재시작 가능하다.


시스템
파워는 4가 최대. 미스시엔 1 깎이면서 0.07을 방출한다.

봄(스펠카드)의 경우 기본적으로 두 개인데, 두 개보다 적게 가지고 미스를 낼 경우 두 개로 채워준다. 두 개 이상 가진 채 미스하면 그대로.

신령묘에는 신령이라는 특이한 시스템이 있는데, 봄과 잔기를 이 신령을 통해 얻는다.
익스텐드를 위해 필요한 자신령의 개수는 8->10->12->15->18로 점점 늘어나지만, 봄을 얻기 위해 필요한 녹신령의 개수는 계속 8개로 동일하다.
영계모드에서 자신령/녹신령을 모을 경우 획득량이 두 배가 된다.

트랜스상태에서 보스와의 대화에 돌입하면 자동으로 트랜스가 종료된다.

미스로 인한 트랜스의 경우 종료되면서 잔기를 잃고, 임의로 발동시킨 트랜스라면 남아있던 게이지에서 1개 분이 줄어든 채 종료.

노멀 이상에서 컨티뉴하지 않고 봄을 세 개 이상 남긴 채 클리어하면 페럴렐 엔딩이라는 특수 엔딩을 볼 수 있다.

평소와 마찬가지로 일정 선 이상 올라갈 경우 아이템 자동회수 가능.


아이템

 : 점수 아이템. 화면 위쪽에서 얻을수록 득점이 높다. 최고득점일 경우 숫자가 노란색.

 : 파워아이템. 작은 것은 개당 0.01, 큰 것은 1만큼 파워를 올려준다.

 : 득점최대치 증가 아이템. 적탄이 사라질 때 나온다.

 : 청신령. 최대 득점을 10 올려준다. 트랜스시엔 100점.
적을 빨리 잡거나 보스에게 샷을 맞추면 나온다(근접할 경우 더 많이 나옴).

 : 자신령. 익스텐드를 위한 아이템. 일부 적이나 보스 패턴 격파시 나온다.

 : 녹신령. 봄을 위한 아이템. 일부 적이나 보스 패턴 격파시 나온다.

 : 백신령. 트랜스 게이지를 많이 증가시키며 자체로 득점이 된다.

청신령을 많이 등장시키면 나온다. 10개 이상부터 청신령 한 개당 백신령 한 개씩 나온다.