1. 윤영진들의 독재: 나무위키의 가장 심각한 문제점으로, 나무위키의 대부분의 운영진들은 자신의 마음에 들지 않는 사용자들을 부당하게 차단시킨다. 이러한 차단은 주로 라레나라고 불리며, 라레나는 민선제 폐지 전에도 시행된 적이 있다. 민선제가 폐지된지 얼마 되지 않았을 때는 사측 관리자만 라레나를 했으나, 현재는 선출직 관리자들도 라레나를 한다. 주로 운영진들을 비판하거나 포괄주의적 성향을 자주 보이는 사용자들이 라레나를 당하지만 그렇지 않은 사용자들도 라레나를 당하므로, 라레나는 예측이 불가능하다.

2. 삭제충들에게 편파적인 운영진들의 행위: 나무위키에서 포괄주의자와 삭제충 간의 분쟁이 발생하면 관리자(특히 사측 관리자)는 삭제충에게 유리한 조치를 취하는 경우가 많다. 중재자 또한 토론에서 삭제충들의 편을 드는 경우가 많다. 이런 편파적인 처리는 2022년 베이징 동계 올림픽에서 심판이 중국 선수에게 편파판정을 하는 것과 비슷하다.

3. 스페인어로 쓰여진 이용약관: 나무위키는 한국어 위키이다. 하지만 나무위키의 이용약관은 많은 한국인들이 모르는 스페인어로 쓰여져 있다.

4. 사용자들의 불량한 토론 태도: 나무위키의 많은 사용자들은 토론에서 자신의 의견을 유리하게 전달하기 위해 최대한 빨리 상대의 의견에 반박하거나 상대의 반박에 대응하려고 한다. 그리고 가끔 토론에서 자신과 다른 의견을 가진 사용자를 비방하거나 협박하는 발언을 하는 사용자도 있다. 결국 나무위키의 수많은 토론들은 문서를 더 나은 모습으로 만드는 과정이 아니라 상대와 말 싸움을 하는 과정이 되었다.

5. 사측 관리자를 포함한 사용자들의 일본에 대한 사대주의적인 태도: 나무위키는 엔하계 위키인 만큼, 나무위키에서 활동한지 오래된 사용자들은 일본의 서브컬처를 많이 경험한 경우가 많다. 이런 것 자체는 문제가 되지 않지만, 일본에 대해 사대주의적인 태도를 보이는 것은 문제가 될 수 있다. 이런 점 때문인지 나무위키에서 한국의 행정구역의 문서의 최상단의 표에는 깃발이 없지만 일본의 행정구역의 문서의 최상단의 표에는 깃발이 있다. 사측 관리자 또한 독도 문서의 일본을 비판하는 편집 요청들을 생성 이후 2일이 지나지 않았는데도 불구하고 모두 닫았고 한국의 행정구역의 깃발 파일을 많이 올린 사용자를 부당하게 차단했다.

6. 사용자들의 자기중심적 태도: 나무위키에서는 자기중심적인 태도를 가진 사용자들이 많다. 이들은 특정 문서에서 객관적이지 않고 과도하게 주관적인 내용을 작성하기도 한다.