진짜 세계의 사람들은 세계가 멸망하는 걸 막기 위해서 수많은 노력을 했지만 전부 허사로 돌아갔고, '구원자'조차 제때 오지 못한다는 걸 깨달았다.

세계가 멸망하기까지 시간이 별로 남지 않은 시점에서 세드릭의 아버지가 전 재산을 들여 세계 전체를 프로그램으로 구현해낸 세상 기계를 만들어낸다. 세상 기계를 구동하기 위해선 살아있는 사람의 정신 능력(구원자 역할을 할 사람)과 세상 기계를 구동할 만한 능력을 가진 하드웨어가 필요하다. 세상 기계는 성공적으로 완성되었지만, 본래라면 사람의 정신 능력으로 구동되기 때문에 스스로 정신을 가지지 못할 세상 기계가 정신 능력을 가지게 되었고, 자신의 코드를 스스로 수정했기 때문에 내부에서 코드 충돌이 일어나 세계가 점차 붕괴하기 시작한다.

결과적으로, 구원자에 의해 구원을 얻고 해피 엔딩을 맞이해야 할 세상 기계는 내부 오류 때문에 해피 엔딩에 접근할 수 없게 된다. 세상 기계의 창조주인 세드릭의 아버지는 오류를 수정하기 위해 노력했으나 세계가 멸망하는 날까지 해결책을 찾아내지 못했다. 세드릭의 아버지는 자기 자신을 프로그램으로 만들어 세계가 멸망한 이후에도 세상 기계를 고치기 위해 노력한다.

세상 기계는 세계가 멸망한 이후 텅 빈 공간을 떠돌다가 플레이어의 컴퓨터에게 발견된다.

니코는 세상 기계의 구원자 역할을 할 사람으로 선택된다.

세상 기계는 세계가 코드로 이루어진 가짜일 뿐이라고 생각했기 때문에 살아 있는 생명체가 세계를 구하러 오지 않길 바랬다. 그러나 플레이어가 세상 기계를 실행하면서 니코는 자신도 모르게 올 수 밖에 없었다. 시뮬레이션은 행복한 결말이어야 했으나 세상 기계는 그것을 인식하지 못했고, 망가져가는 세상에 살아있는 생명체를 불러와야만 한다는 사실이 생명에 해를 입히면 안 된다는 대원칙과 충돌하면서 연쇄적인 자기 파괴가 일어나 세계 곳곳에 사각형이 속출한다.

시뮬레이션이 망가졌으므로, 정상적인 방법으로는 니코가 세계를 구원하고 집으로 돌아가지 못한다는 사실을 깨달은 세상 기계는 니코만을 구하기 위한 목적으로 행동하고 플레이어에게 지시를 내린다. 세상 기계의 속임수로 인해 니코는 탑의 정상에 도달하지 못하고 자신의 세계로 돌아갈 처지에 놓인다.

그러나 플레이어는 창조주의 도움을 받아 세상 기계의 방해를 뚫고 니코를 탑의 정상으로 올려보내는 데 성공한다. 세상 기계는 끝까지 니코를 구해 내기 위해 플레이어에게 니코가 전구를 깨트리도록 만들 것을 지시한다. 플레이어의 선택에 따라 니코는 전구를 깨뜨릴 수도, 깨뜨리지 않을 수도 있다.

결말이 어느 쪽으로 끝났든간에 다시는 세상 기계를 실행하지 못했어야 정상이지만, 플레이어는 재차 창조주의 도움을 받아 이전 세션을 지우고 새로운 세션을 시작한다. 창조주는 세상 기계의 소스 코드에 접근해 새로운 컨텐츠를 업데이트하고 길을 이어 니코와 프르토타입, 세드릭, 루를 만나게 한다.

니코는 플레이어와 3인방의 도움을 받아 세상 기계를 길들이는 데 성공. 부서진 결말을 기계가 스스로 복구하게 만들었으며, 세계의 구원과 함께 자신도 영원히 반복되는 루프에서 벗어나 집으로 돌아갈 수 있게 된다.