엑2 엔딩 약 20년후 배경으로 바다에서 외계생명체들이 출몰함
그간 평화로 약해진 엑스컴이 이걸 막으려고 부랴부랴 전투하는데 장비가 구려 피해가 극심함(튜토)
그리고 아틀라스(키메라 스쿼드 흑막)가 나대기 시작하면서 도시들의 공격당함
전 사령관(너)은 아바타 후유증으로 죽은 상태임
하지만 위기의 상황속 사령관이 필요하다 생각해서 예토전생하기로 함

아바타 전송시 아바타에 남아있던 너의 의식을 부활시켜서 너를 깨움
이제부터 아틀라스와 바다 외계생명체 둘을 상대하면서 싸워야함
바다에 외계생명체는 뭔지 아틀라스는 왜 나대는지 미션을 진행하면서 하나하나 밝혀짐

밝혀진 진실은 지구의 바다속에 고대의 생명체들이 잠들어 있다는거
이 생명체들도 사이오닉 에너지 남용하다가 병신되서 오랜 수면에 들어감
동시에 자신들이 연구한 사이오닉 에너지에 완벽히 적응할 dna들을 생명체들에게 남기고 자연속 진화를 통해 이 dna로 자신들의 아바타로 적합한 육신을 만들 생각이였음
맘같아선 본인들이 직접 진화시키고자 했지만 근위축증이 심해져 동면에 든 것

이사실은 엘더와 엘더의 최측근 외계인들만 알고있었음
엘더도 이 고대생명체가 깨어나 날뛰면 감당이 안될걸 알기에 최대한 자극안시키려고 그 고대생명체가 잠든 바다속 위에 본진을 둬서 봉인하기로 함
그러다가 사령관에게 개쳐발리고 본진이 터지면서 고대생명체가 깨어나기 시작함

이 사실을 알고있던 엘더의 최측근 외계인들은 비상이 걸림
엘더도 감당 못해서 봉인시켜 놓은걸 엘더가 런했으니깐
그래서 3개의 계파로 나뉘게 됨
엘더를 다시불러서 봉인시키자는 파
고대종을 새 주인으로 섬기자는 파(템플러 수장이 여기 수장이 됨)
엑스컴을 정복해 그 힘으로 고대종이랑 맞짱까자는 파
셋다 엑스컴이 없어야 뭐든 한다는걸 깨닫고 힘을 합쳐 아틀라스를 구성하게 된것

엑스컴이 아틀라스 정리하니 고대종이 깨어나기 시작함
그간 전투로 발전된 해저장비들로 엑스컴은 고대종 토벌하기로 함
최종전투에서 결국 고대종을 죽이는데 성공함
하지만 고대종의 죽기전 최후의 발악 때문에 지구의 반이 날라감
지구가 인간이 살기힘든 환경이 되버리니 우주로 나가야 한다는 뉘양스로 엔딩(4는 우주에서 역으로 식민지 만드는 내용)

이젠 기약없는 망상이 되버렸어