4       01    Water War

4       02    Gungan Attack

4       03    Prisoners

- 몬 칼라마리 3부작. 바다행성 몬 칼라는 몬 칼라마리인들과 쿼렌인들로 분열되어 분쟁이 벌어진다. 쿼렌인들은 분리주의 연합에 지원을 청하고 드로이드 군대가 몬 칼라를 침공한다. 이를 막기 위해 아나킨과 공화국 클론 군대가 지원을 오지만 드로이드 군에 오히려 당한다. 수중 종족인 건간인들의 도움을 받아 상황을 회복하는 듯 했으나, 강력한 연합군의 위력에 많은 수가 포로로 잡힌다. 하지만 몬 칼라의 왕자 리 차의 등장으로 사기를 회복한 몬 칼라인들은 다시 연합과 전투를 벌이고 결국 분리주의 군대의 지휘관 러프 탐슨을 제거하는데 성공한다.

4       04    Shadow Warrior

- 나부 건간의 지도자 보스 리오니가 분리주의자들과 결탁하려는 소문이 돌고, 진상파악을 위해 자자 빙크스와 아미달라, 아나킨이 나선다. 사건의 배후에는 두쿠가 있었다. 자자 빙크스의 활약으로 그리버스 장군을 사로잡지만 두쿠의 함정에 빠져 아나킨 역시 포로로 잡힌다. 결국 그리버스와 아나킨의 포로교환이 이루어진다.

4       05    Mercy Mission

4       06    Nomad Droids

- 알린 2부작. 원인 미상의 지진으로 고통받는 알린 행성의 원주민들을 돕기 위해 공화국 군대가 파견된다. 같이 온 통역 드로이드 C3PO와 알투는 원주민들에게 이끌려 이상한 구멍에 빠지고 그곳에서 지하 세계의 거주자들을 만난다. 지진의 원인을 알아낸 두 드로이드는 올라와 구멍을 막고 지진은 멈춘다.

4       07    Darkness on Umbara

4       08    The General

4       09    Plan of Dissent

4       10    Carnage of Krell

- 501군단 4부작. 아나킨 스카이워커 대신 제다이 장군 퐁 크렐이 501 군단을 맡는다. 엄격하고 클론에게 냉정한 성격의 퐁 크렐의 지휘로 많은 클론 사상자가 발생하고 클론들은 불만에 빠진다. 많은 희생끝에 공항을 점령한다. 다른 지역에 벌어지는 전투에 아크 트루퍼 파이브스 등 몇몇 클론이 크렐의 명령을 어기고 지원을 나가 연합군을 격퇴한다. 하지만 크렐은 그들을 명령 불복종이라 하여 처형을 명한다. 한편 크렐의 명령으로 전투를 벌인 렉스와 클론들은 알고보니 크렐이 공화국을 배신하고 클론들끼리 싸우게 한 것임을 알아내고 크렐을 체포하려 한다. 강력한 크렐에 대항하여 겨우 붙잡았지만, 분리주의자들의 공습이 임박하자 결국 그를 처형한다.

4       11    Kidnapped

4       12    Slaves of the Republic

4       13    Escape from Kadavo

- 자이게리아 3부작. 평화로운 키로스 행성의 사람들은 보호의 명목하에 분리주의 연합의 지원을 받는 자이게리언 노예상들에게 끌려간다. 이들을 구출하기 위해 오비완, 아나킨 그리고 아소카와 렉스가 자이게리아 왕궁에 잠입하지만 붙잡히고, 여왕의 호감을 산 아나킨을 제외한 다른 사람들은 노예로 끌려간다. 끌려간 키로스 사람들의 위치를 알아낸 아나킨은 카다보의 요새로 향해 노예상들을 처치하고 사람들을 구출한다.

4       14    A Friend In Need

- 아소카는 럭스 본테리를 만나게 된다. 그는 자신의 어머니를 죽인 두쿠에게 복수를 다짐하고 데스와치에게 도움을 구하려 한다. 하지만 데스와치의 무자비한 행동에 반발한 아소카는 데스와치에게 붙잡힌다. 알투에게 도움을 받은 드로이드들에 의해 소란이 발생하고 럭스와 아소카는 탈출에 성공한다.

4       15    Deception

4       16    Friends and Enemies

4       17    The Box

4       18    Crisis on Naboo

- 라코 하딘 4부작. 의장에 대한 납치 음모가 있음을 알게된 제다이들은 납치범들에게 잠입하기 위해 오비완이 사망한 것으로 꾸미고 현상금 사냥꾼 라코 하딘으로 변장하여 납치범들에게 접근한다. 세레노에 도착한 현상금 사냥꾼들은 두쿠와 모랄로 이발이 만든 시뮬레이션 공간에서 시험을 통해 선택받아 납치 계획에 참여하게 된다. 캐드 베인에 의해 거의 성공할 뻔 했으나, 납치범들 사이에 있던 오비완의 활약으로 실패로 끝난다. 그러나 마지막에 두쿠 백작의 등장으로 또다시 위기가 찾아오나 아나킨과 오비완이 이를 저지한다.

4       19    Massacre

- 자신에게 위협으로 남아있는 탈진 대모와 벤트리스를 처치하기 위해 두쿠는 다쏘미르로 그리버스와 군대를 파견한다. 벤트리스는 망자의 군대와 함께 이를 저지하려 분투하지만, 그리버스와 드로이드 군대 앞에 패배하고 나이트시스터는 거의 전멸한다.

4       20    Bounty

- 고향을 떠나게 된 벤트리스는 현상금 사냥꾼으로 활동하게 된다. 보바 펫 등 다른 현상금 사냥꾼들을 만나 화물을 운송하는 임무를 맡는다.

4       21    Brothers

4       22    Revenge

- 다스 몰 2부작. 두쿠와 벤트리스 모두에게 버림받은 사바지 오프레스는 다쏘미르로 돌아와 탈진을 만난다. 탈진은 그에게 그의 형제 다스 몰이 아직 살아있음을 알려준다. 사바지는 외딴 쓰레기 행성에서 그를 찾아 탈진에게 데려온다. 탈진의 마법으로 회복한 다스 몰은 오비완 케노비를 끌여들여 복수하려하나 오프레스를 쫓아온 벤트리스의 도움으로 오비완은 탈출에 성공한다.

5       02    A War on Two Fronts

5       03    Front Runners

5       04    The Soft War

5       05    Tipping Points

- 온데론 4부작. 분리주의 연합의 지원을 받는 온데론 행성에 내전이 발생하고, 이를 비밀리에 지원하기 위해 제다이들이 파견되어 반군을 훈련시킨다. 내전에 직접적으로 개입할 수 없기에 아소카를 남기고 아나킨 등은 철수한다. 아소카는 반군들 사이에서 럭스 본테리를 만난다. 무자비한 드로이드 장군 칼라니가 지휘하는 드로이드 군대에 온데론 반군은 고전하지만 결국 원래의 왕을 구출하여 다시 옹립시키는데 성공하고 연합군을 몰아낸다.

5       06    The Gathering

5       07    A Test of Strength

5       08    Bound for Rescue

5       09    A Necessary Bond

- 파다완 4부작. 어린 파다완들이 요다와 함께 광선검을 만드는 수련을 받는다. 수련을 마치고 아소카와 함께 돌아가던 중 해적들의 공격을 받아 아소카는 포로로 붙잡히고 파다완들은 불시착한다. 기지를 발휘해 아소카를 탈출시키고 도망가나 해적들의 추적에 의해 다시 추락한다. 한편 해적들의 본거지, 플로럼을 그리버스 장군과 드로이드 군대가 침공한다. 해적들의 수장 혼도 오나카는 감옥에 갇힌다. 아소카와 파다완들의 도움을 받아 해적들은 혼도를 빼내고 그의 우주선을 타고 탈출하는데 성공한다.

5       10    Secret Weapons

5       11    A Sunny Day in the Void

5       12    Missing in Action

5       13    Point of No Return

- 알투 4부작. 분리주의 연합군의 통신 암호를 해독하기 위한 장치를 찾아내기 위해 알투를 비롯한 몇몇 드로이드로 이루어진 팀이 구성된다. 분리주의 연합의 함선에 잠입하여 해독 장치를 탈취하는데 성공하나, 황량한 행성에 불시착한다. 한 마을에서 과거의 큰 전투에서 기억을 잃은 클론 코만도를 만나고 그의 희생으로 드로이드들을 따돌리고 탈출한다. 공화국 함선에 승선하지만 그 함선은 사실 공화국 작전 회의를 위해 수많은 제다이와 클론들이 모인 기지로 폭탄을 배달하는 분리주의 연합의 계략이었다. 하지만 알투의 활약으로 폭탄을 미리 터뜨려 모두를 구한다.

5       01    Revival

5       14    Eminence

5       15    Shades of Reason

5       16    The Lawless

- 다스 몰 4부작. 다스 몰과 사바지 오프레스는 강력한 범죄 집단을 만들기 위해 해적들에게 접근하지만 그들을 추적해온 오비완에 의해 부상을 당하고 우주를 떠돌게 된다. 그러던 중 데스와치가 그들을 발견하여 치료한다. 데스와치는 만달로어를 되찾겠다는 계획을 가지고 몰과 사바지에게 협력한다. 데스와치의 지원을 받아 다른 범죄집단들의 협력을 얻어낸 몰은 결국 만달로어를 습격하여 데스와치가 새틴을 몰아내고 만달로어에 대한 통치권을 되찾게 해준다. 하지만 처음부터 그들을 버릴 계획이었던 프리 비즐라와 결투하여 그를 죽이고 그가 가졌던 모든 권한을 물려받는다. 새틴 여공작을 구출하기 위해 만달로어에 온 오비완 케노비의 눈앞에서 새틴을 죽이는 복수를 하지만, 자신의 계획에 방해물이 나타났음을 느낀 다스 시디어스가 직접 만달로어로 찾아와 몰 형제를 공격한다. 시디어스에 의해 사바지는 사망하고 몰은 제압당한다. 만달로어는 내전이 발발한다.

5       17    Sabotage

5       18    The Jedi Who Knew Too Much

5       19    To Catch a Jedi

5       20    The Wrong Jedi

- 아소카 타노 4부작. 제다이 사원에 폭발 사고가 발생하고 아나킨과 아소카는 폭파범을 붙잡는데 성공한다. 하지만 폭파범을 심문하러 간 아소카의 눈앞에서 범인이 의문사하고 아소카는 폭발 사고의 배후와 살인범으로 지목된다. 추격을 피해 아소카는 코러선트의 지하층으로 도주한다. 배리스와 벤트리스의 도움을 받아 사건의 진실에 접근하는 듯 싶었으나, 결국 붙잡히게 되고, 기사단에서 추방되어 군법 재판에 회부된다. 한편 아나킨은 아소카의 결백을 증명하기 위해 조사하던 중 벤트리스를 만나 배리스가 진범임을 알아낸다. 아소카의 결백함이 밝혀지지만, 자신을 내친 기사단에 실망한 아소카는 기사단을 떠난다.