FBI는 깁스가 첫번째부인과 딸을 죽인 범인을 증거없이 사살했다는 첩보를 입수하고 내사에 들어간다.
특유의 직감으로 이것을 눈치깐 깁스는 에어포스원을 납치하도록 사주하여 FBI의 주위를 돌린다.
한편 케이트는 에어포스원을 납치한 범인들과 비행기 안에서 총격전을 벌리다가 우발적으로 부시의 엉덩이를 쏴버린다.
어쩔줄 모르던 케이트는 범인을 잡게되고 범인은 자신을 살려줄것을 부탁하며 배후를 밝힌다.
실업자 위기에 노인 케이트는 범인을 사살하고 범인이 자백한 테이프를 가지고 깁스를 협박하여 NCIS로 취직한다.

출근 첫날 자꾸만 집적되는 토니를 헤치울 방법을 모색하던 케이트는 자신의 친구를 소개시켜준다.
한편 깁스는 매달지급하는 이혼수당 때문에 집을 팔아넘긴다.
집을 장만할 돈이 없는 깁스는 오래전 미해결사건으로 방치된 오래된 저택에 무단거주 하게 되고 그곳의 지하실에서 부업으로 보트를 만들기 시작한다.
케이트에게 여자친구를 소개받은 토니는 케이트에게 깁스의 규칙들을 알려준다. 그러던 어느날 자신의 여자친구가 남자화장실에서 볼일을 보는것을 목격하게되고 케이트에게 복수할것을 다짐한다.

토니는 파찌에게 자신의 여자친구를 미행할것을 부탁한다. 파찌는 토니의 여자친구를 미행하던중 사랑에 빠지게 되지만 그여자가 남자임을 알게되어 충격을 먹고 갈팡질팡하다가 옥상에서 떨어져 사망한다.

깁스는 파찌가 살해됐다고 보고 그가 미행하던 토니의 여자친구를 뒷조사 하기 시작하는데.... 토니는 파찌의 죽음에 책임을 느끼고 케이트에게 복수할것을 맹세한다.
하지만 도저히 틈을 보이지 않는 토니, 케이트가 전직 대통령 경호요원이었음을 알게되고 해고 사유를 알기위해 노포크에 근무중인 맥기를 불러와 케이트의 인사파일을 해킹하게 한다.

결국 케이트가 부시를 쏴서 해고된것을 알게된 토니는 누군가의 힘에 의해 케이트가 NCIS에 온것을 알게되고 그것을 파헤치던중 배후가 깁스임을 알게된다.

깁스는 파찌가 미행하던 여자가 사실은 남자이고 미행을 사주한것이 토니임을 알게된다.
토니는 케이트가 그랬던것 처럼 깁스를 협박해 자신의 팀리더롤 만들어 줄것을 요구하지만 깁스는 파찌의 죽음에 대한 책임을 묻는다. 결국 둘은 서로의 비밀을 밝히지 않기로 합의 하고 원래대로 NCIS업무에 복귀한다.

토니가 노포크에서 불러온 맥기는 토니에게 약속을 지켜줄것을 요구한다.
토니의 약속은 토니가 새로운 팀 리더가 되면 맥기를 현장요원으로 뽑아주는것이었다. 하지만 깁스와 샘샘하게 되면서 이 약속을 들어줄수 없게 된다. 이에 앙심을 품은 맥기는 CIA를 해킹해서 거짓파일을 작성하여 오더를 내린다. 거짓 오더는 연방기관에 잠입해 있는 적 스파이를 잡아내는것,

토니를 적스파이로 규정한 오더때문에 해병들이 외국에서 실종하는 사건을 꾸민다.
해병의 실종사건을 맡게된 깁스는 보트일이 밀려있어서 토니를 보내게 되고 토니는 해병들에게 죽을 위기에 처하게 된다.  

모든것을 체념한 토니의 앞에 아리가 나타난다. 아리또한 CIA와 FBI에 연계를 둔 스파이로 토니가 자신의 동료라고 생각하고 구해준것이다.
구사일생으로 목숨을 구한 토니는 음모의 냄새를 맡게되고 깁스와 케이트가 자신을 죽이려고 했다고 오해한다.

한편 외국으로 출장간 사이에 대리업무를 맡게된 맥기는 깁스에게 옥션을 알려주어 깁스가 보트값을 후하게 받게 해준다.

이제껏 인터넷을 몰랐던 깁스는 맥기가 알려준 옥션덕분에 고가로 보트를 팔게되자 기쁜마음에 맥기를 자신의 팀으로 합류시킨다.

자신의 연구실에서 은둔형 삶을 살고 있는 애비, 사실은 인터넷을 통해서 각종 사기를 치고있었다.
특유의 다크포스를 이용하여 자신을 떠받드는 사이비 교를 만들어 여신으로 행세하고 있던것이다.
연구실에서 행한는 모든 작업은 애비가 하는것이 아니라 증거물이 들어오면 자신의 교원들에게 업무를 할당하여 깁스가 원하는 시간안에 다 해놓는것이다.

그런 교원들 중에 한명이 애비에게 자신만을 봐줄것을 요구하며 협박을 하기 시작한다.
위험을 느낀 애비는 어벙한 맥기를 이용하여 그놈을 잡아드릴려고 하지만 의외로 똑똑한 그놈은 요리조리 피해서 도망다닌다.
결국 맥기는 자신의 역량이 부족하다고 여기고 깁스에게 도움을 청한다.

깁스는 보트일이 바빠서 안됀다고 한다.

하는수 없이 토니와 케이트에게 도움을 청하지만 모두 거절당한다.
이때 애비가 그동안 신도들에게서 갈취한 돈의 일부를 보여주며 그놈을 잡아줄것을 요구하고 깁스와 토니,케이트는 흔쾌히 허락한다.
일찍이 찍기의 명수인 깁스는 놈의 은신처를 단박에 알아채고 체포하여 일은 일단락 된다.
깁스는 애비에게 받은 돈으로 최신식 보트만드는 장비들을 구입한다.
토니는 애비에게 받은 돈으로 새로운 자동차를 장만한다.
케이트는 애비에게 받은 돈으로 가슴성형을 한다.
맥기는 애비에게 사귀어 줄것을 요구하지만 애비에게 거절당한다.
평소에 일기를 쓰는 습관이 있는 맥기는 술김에 노트에 적어두었던 일기내용을 블로그에 올린다. 

블로그는 순식간에 엄청난 조회수를 기록한다. 이것을 눈여겨본 출판사에서 맥기에서 출판제의를 하고 약간 각색되어 딥식스란 제목으로 출판하게 된다. 
자신의 동료라고 생가하던 토니가 동료가 아님을 알게된 아리는 복수를 감행한다. 차량에 폭탄을 설치하여 토니를 폭파시키려고 하지만 그때 토니는 애비에게 받은 돈으로새 차를 사고 옛날 차는 차고에 두고 타지 않았다.
이사실을 몰랐던 아리는 토니의 옛날차를 폭파시켜 토니 암살은 실패로 돌아간다.
암살이 실패로 돌아가자 빡돌아 버린 아리, 거짓 제보전화로 깁스의 팀을 유인하는데 성공하고 이번에 확실이 토니를 헤치우기로 한다.
아리의 부하들이 깁스들을 유인할때 아리는 저 멀리서 저격을 준비한다.
녹내장이 조금 있던 아리는 맥기를 토니로 착각하고 쏘지만 총알은 비껴간다. 이번엔 확실하게 토니를 확인하고 총을 발사한다.

이때 가슴성형으로 인해 균형을 제대로 못잡던 케이트는 토니옆으로 미끄러 진다.   

케이트의 가슴에 총알이 박히고, 아리는 분통을 터뜨리다가 다시금 토니를 조준하고 총을 발사한다.
케이트의 가슴에 박힌 총알은 다행히 실리콘에 의해서 별다른 타격을 주지 못하고 케이트는 다시 일어난다.
그때 재수없게 토니를 노린 총알이 막 일어나는 케이트의 머리에 명중하면서 케이트는 사망하게 된다.
세번의 기회를 모두 날린 아리는 화병이 도져서 결국 사망하게 된다.