경선은 무난히 통과했던 이회창이었지만, 본선에 도달해 예상치 못한 변수를 마주하게 된다. 바로 아들 두 명이 모두 체중 미달로 병역 면제를 받았다는 병풍 논란이 터지며 지지율이 폭락한 것이다. 이를 본 신한국당 내에서는 후보를 바꿔야 한다는 이야기가 나오기 시작했고, 경선 2위였던 이인제에게 지지가 몰리면서 결국 이인제는 경선을 불복하고 신한국당을 탈당하여 출마하게 된다. 이인제는 당시 경제 위기로 이회창에게 공격받던 김영삼 대통령의 암묵적인 지지를 받으면서 김영삼의 정치 기반인 부울경 지역을 중심으로 이회창의 보수표를 잠식해나갔다. 이로 인해 이회창은 한때 지지율이 3위까지 떨어졌지만, 이인제를 찍으면 김대중이 된다는 공세를 통해 이인제의 지지층을 흡수하며 2위로 올라가는 데 성공한다. 그 후 지지율 1위를 탈환하려 했으나, 대선 직전에 터진 IMF 사태로 보수 정권의 이미지가 바닥으로 떨어져버렸다. 이에 이회창은 김영삼을 탈당시키고 김영삼 이미지가 씌워진 신한국당의 간판을 내리기 위해 통합민주당과 합당해 한나라당을 창당해 이미지 개선을 하려 했으나, 김대중을 추월하지 못하고 불과 1.6%인 39만 표 차이로 2위로 낙선했다.