나무위키는 따로 출처를 요구하지 않는만큼 신뢰성과 전문성 면에서는 약점이 많다. 나무위키에 작성되는 대부분의 문서는 합리적인 출처 요건을 충족하지 못했으며, 출처로 대체되는 정보는 디시인사이드, 개인 블로그 등에서 발췌한 2차 정보에 해당한다. 따라서, 대부분의 문서에 기입된 내용은 특정 개인의 이해 관계 및 주관이 상당히 강하게 들어가 있기에, 그 신뢰성과 내용의 정확성에는 상당한 문제가 있다. 내용의 부정확성에 더불어, 출처가 의심스러운 내용을 통해 혐오를 재생산한다는 비판 또한 받는다.

그 외 인종차별, 성차별, 개발도상국 차별, 사회적 지위에 따른 차별 등을 정당화하는 내용이 주류를 형성하고 있어 사회적 문제가 되고 있다. 나무위키 토론 합의 규정에 따르면, 의견차이로 인해 또는 편집 방향이 너무 편향적이라고 주장하는 유저들에 의해 편집 분쟁이 발생하는 부분이 있는 경우 이 부분이 삭제된 채로 토론이 발제되는데 토론은 생각보다 만만한 과정이 아니며 쟁점이 치열할 경우 끝이 없이 이어지는 주장과 반박을 이어 나가야 한다. 그래서 ‘프로토로너’라는 말이 생길 정도다. 토론이 과열될 경우 관리자에게 중재요청을 하는 경우도 생기고, 토론과정에서 한쪽 인원수가 많을 경우 그 주장의 옳고 그름과 상관없이 숫자가 많은 쪽이 유리해진다. 그리고 정치적으로 매우 우경화 되어있다. 진보정당과 진보운동에 대해 매우 적대적으로 서술되어있고, 노동운동과 민중운동에 대해서도 매우 부정적으로 서술되고 있다. 전반적으로 반공주의 색채가 강한편이다.

예를들어 북한관련 서술들을 보면, 어떻게든 안좋은 방향으로만 접근하려는 것이 아주 노골적으로 보인다. 형식적으로 중립을 표방한다고 하지만, 나무위키는 북한관련 자료들 중에서 미국에게 유리하게 써진 것만을 추구하는 경향이 강하다. 탈북자들이 거짓말을 하는 것에 대해선, 상당히 관대한 모습을 보이고 있으며, 조금이라도 이 틀에서 벗어난 자료들은 보려고도 하지 않는 모습을 보이고 있다. 정치범수용소 문서를 보면, 이 정치범수용소의 실체가 사실상 없다는 점은 전혀 보지도 않고 있으며, 탈북자들의 거짓말만 보려는 악의적인 태도를 보인다. 베트남 전쟁 당시 한국군이 제국주의 침략자로써 자행한 천인공노할 민간인 학살에 대해선, 악을써가며 제대로된 출처 표기도 없이 근거가 없다고 부정하지만, 정작 근거도 실체도 없는 북한 정치범 수용소 발언따위는 그런 의구심 조차 1도 없는게 바로 나무위키의 반북주의다.

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