1. 간헐적으로 엔젤 아일랜드 액트 1 두번째 자이언트 링 스프링 밟고 올라갔다 내려갔다하면 사라짐 이건 다시 나갔다고 다시 들어오면 나타나있음

2. 위에서 언급한 불타고 난 액트 1 두번째 자이언트링 먹고 나오면 액트 2로 브금 바뀜. (소닉3 컴플리트에서 해결)

3. 하이드로 시티 액트 2 보스전에 물속에서 계속 참고 있다가 카운트다운후 나오면 소닉 & 너클즈 마이너 보스 음악으로 바뀜. 이건 소닉3, 소닉3&너클즈 공통이었던 걸로 기억. (소닉3 컴플리트에서 해결)

4. 너클즈로 마블 가튼 액트 2 보스 가면 마이너 보스 음악이 나옴 (소닉3 컴플리트에서 해결)

5. 카니발 나이트 액트 2 에서 너클즈가 도시를 정전시키고 다시 도시를 복구시키는 스위치가 있는데 누르고 가지 않으면 마지막 쯤 너클즈 색깔이 반전되서 나옴

6. 전 스테이지 공통으로 저런 부분에서 스핀대쉬하고 가면 버벅이며 멈출때가 있음. 존나 빡침

7. 아이스캡에서 초반 스키탈때 링 50개 먹고 보드 탈때 변신하면 슈퍼/하이퍼 소닉 스프라이트 깨져서 나옴 (소닉3 컴플리트에서는 변신 안됨)

8. 버그는 아니지만 런치 베이스 액트1에서 처음 엘레베이터를 탈때 소닉3 에서는 엘레베이터 윗부분에 링 5개가 붙어있는데 3&K 에서는 링 5개가 조금씩 떨어져있음

9. 너클즈로 머시룸 힐 존 액트 2 보스전에 뒤지고 나서 다시가면 보스가 에그로보가 아닌 에그맨으로 바껴나옴. (소닉3 컴플리트에서 해결)

10. 너클즈로 플라잉 배터리존 액트2 보스를 만나면 에그로보가 아닌 에그맨이 나옴. (소닉3 컴플리트에서 해결)

11. 라바 리프 액트 2에서 빨간 스프링 있고 바로 앞에 벽 부수는 구간이 있는데 가끔식 빨간 스프링 밟으면 속도가 매우 빨라서 벽을 부수지 않고 씹고 지나갈때가 있음.

12. 데스 에그 최종보스전 처음에 뛰어가다 낙사구간이 없는데 그냥 죽는 오류가 있음.

13. 버그라고 해야할지는 모르겟지만 너클즈로 마블 가튼 액트 2 팽이타고 계속가면 보스전에 테일즈랑 합작플레이가 가능함

14. 라바리프 너클즈땜에 굴러떨어지고 링 100개 이상에서 링 먹으면 1UP함 근데 이건 라바리프 액트 3로 분류되서(?) 그런거일 수도 (소닉3 컴플리트에서 해결)

15. 엔젤 아일랜드에서 처음 소닉이 너클즈에게 맞고 변신 풀릴때 테일즈가 내려오는데 소닉3 하고 소닉 & 너클즈하고 방향이 정반대. 이건 버그는 아니지만

16. 엔젤 아일랜드 액트 2 처음 시작할때 스페셜 스테이지 들어갔다 나오면 간헐적으로 부쉈던 벽돌이 다시 생기는 버그가 있음

17. 엔젤 아일랜드 액트 2 첫부분 물 보호막 먹는 부분은 불 보호막 갖고 있을시 벽을 안부수고도 위의 빈틈으로 들어갈수 있음

18. 엔젤 아일랜드 액트 2 벽돌 부수는 부분들 보면 위에 또 벽돌 위에 벽돌이 또 있음 (소닉3만 해당)

19. 머시룸 힐 겨울로 바뀌는 곳 스페셜 스테이지 클리어하고 가을부분으로 나오면 핑크버섯으로 바뀜