제네시스를 파괴하고 어린 시절의 카일리스에게 세뇌를 건 사라 코너는 카일리스와 작별을 나눈다.

역사대로라면 카일리스는 이 시점에 존재하면 안되기 때문에...

뜨거운 사랑을 나눈 후 카일리스는 T-1000이 된 팝스와 함께 새로 만든 타임머신을 통해 미래로 간다.

이번에는 존 코너가 T-5000의 스카이넷에 의해 변이가 되는 것을 막기 위해서...

우여곡절 끝에 타임머신으로 미래에 도착하니 그 곳에서는 기계 네트워크 본체를 보호하는 기계 군단과 인간 특공대와의 대전투가 한창이었다.

카일리스는 즉흥적으로 팝스가 기계라는 점을 이용하여 기계 군단의 눈을 피해 기계 네트워크 본체를 몰래 파괴하는데에 성공하게 된다.

그 순간! 모든 기계가 갑자기 정지되면서 인간이 승리했음을 알리는 방송이 울려 퍼지기 시작한다.

기계 네트워크인줄로만 알았던 것은 사실 스카이넷 본체 그 자체였던 것이었다.

사실 카일리스가 과거로 가기 전에 인류가 승리할 수 있었던 이유는 바로 과거에서 다시 현재로 돌아온 자신과 팝스 덕분이었다.

하지만 카일리스는 곧 존코너가 제네시스에 의해 당하기 직전이라는 사실을 알아차리게 된다.

카일리스와 팝스는 온 힘을 다해 달렸지만 존코너는 이미 스카이넷의 하수인이 되어 과거로 떠난 직후였다.

그 곳에서 카일리스와 팝스는 T-5000인 제네시스와 대치하게 된다.

제네시스가 말했다.

"너무 늦었군."

카일리스가 되받아쳤다.

"네가 보낸 존코너는 실패했다. 제네시스는 파괴되었어."

"알고 있어. 하지만 너희들이 모르는게 하나 있군. 네가 온 시대의 제네시스는 아직 살아있어."

"거짓말!"

"뭘 모르는군 휴먼, 난 네가 모르는 많은 것들을 알고 있지. 저 팝스라는 고철 덩어리의 존재에 대해서도 말이야."

그 말을 들은 팝스가 갑자기 제네시스를 향해 걷더니 그 옆에 섰다.

"이 터미네이터는 내가 과거로 보낸 것이다. 사라 코너를 보호하면서 스카이넷을 창조시키고 내가 이 세상의 주인이 되기 위해서 말이지!" 

"팝스... 설마! 맙소사!"

큰 충격을 받은 카일리스에게 팝스가 말했다.

"그 동안 고마웠다. 휴먼."

말을 마친 팝스는 갑자기 자신의 팔을 창으로 변신시키더니 그것으로 T-5000의 등 뒤를 찔렀다.

갑작스런 기습을 당한 T-5000은 창에 뚫린 자신의 가슴을 살펴보다가 팝스를 돌아보았다.

"의외로군. 하지만 이러한 것으로 날 어찌할 수 있을 것이라 생각했나?"

"아니."

그러더니 갑자기 천장에서 일직선 빛이 뿜어져 나오더니 제네시스와 팝스를 감전시키기 시작했다.

"크아악~! 이것은 설마...!"

제네시스는 녹아내려서 팝스와 융합되기 시작하더니 곧 폭발하고 말았다.

카일리스는 번쩍이는 빛과 충격에 의해 정신을 잃고 쓰러지고 말았다.

...

카일리스가 정신을 차리고나니 움직이는 천장이 보였다.

침대 위에서 이동하고 있음을 알아차린 카일리스는 눈동자를 돌려 주변을 바라보았다.

옆에는 부상병들과 간호사들이 바쁘게 돌아다니면서 무엇인가를 말하고 있었다.

카일리스는 몸을 일으키려고 해 보았지만 전혀 몸이 움직이지 않았다.

카일리스는 도움을 요청하려고 해 보았지만 전혀 말이 나오지 않았다.

그 순간 카일리스는 자신의 몸이 어떤 상태인지를 깨닫게 되었다.

그런 그의 앞에 갑자기 분명히 죽었을 존 코너가 모습을 드러내었다.

간호사와 이야기를 마친 존 코너는 누워있는 카일리스를 내려다보더니 미소를 지었다.

2편 줄거리 끝