이에 대학경영을 기업 부문의 노사 문화와 같은 형태로 재편하고 커리큘럼과 학과 재편에서도 기업의 요구를

적극적으로 반영하는 방식으로 전면적인 구조개혁을 꾀했다.

연구비 지원에 관해서는, 기존에는 대학이나 개인의 연구 업적을 평가 분석할 수 있는 공통의 기준이 없고

학회의 수준이나 능력, 실적과 무관하게 발간되는 학술지에 실린 논문과 대학 외부의 잡지, 평론지에 싣는

글들이 대부분 연구 업적으로 인정되어 객관성을 따지기가 불가능했다.

따라서 정부의 대학 재정 지원과 개인 연구비 지급은 명백한 기준에 따른다기보다는

잡음이 없을 정도의 선에서 이루어졌는데 이러한 비생산적인 관행은 지식경제를 추동하는 데 커다란 장애물이었다.

IMF등 국가 경제의 전면적인 위기에 닥치자 사회 전 부문에서 생존을 건 구조조정 바람이 일었고 대학에서도

지식생산력 강화를 위한 객관성을 갖춘 제도, 계량화되고 표준화된 지표가 필요했다. 1998년 한국학술진흥재단은

등재학술지 제도를 전격적으로 실시, 교원평가의 핵심요소인 연구업적은 학술진흥재단에 등재된 학술지 게재물만

인정함으로써 품질과 객관성을 보장하고 연구비 및 예산지원의 '선택과 집중'전략이 구현되었다.

계량화된 평가와 차등화된 연구비 지원은 자연스럽게 지식생산 경쟁을 가속화시켰고 기업의 경제전략 및

국가이익에 들어맞는 실용적 학문 영역에 거액의 연구비가 집중 지원되었다.

대학 운영에도 'CEO총장'으로 불리는 기업가적 리더십이 등장했고 일사불란한 기업경영 논리와 함께

다수 학생들은 이러한 변화에 조응하여 스스로 '기업형 인제'로 적응하기 시작했다.

하지만 대학의 존립 근거가 비판적 지식인의 생산과 시민적 자율성의 증대에 있다고 생각하는 사람들은

대학이 기업과 별도의 영역이며 동등한 사회의 한 부분으로서 교집합을 형성할 수는 있어도

대학이 기업의 부분집합일 수는 없다고 주장한다. 기업이 대졸자를 자체 훈련 없이 즉각 쓰고 싶다면

자기 비용으로 사내 교육기관을 설립하면 될 일이다. 대학 졸업자 모두가 기업에 취업하는 것도 아니고

공무원도 되고 학자도 되고 창업도 하고 작가가 되기도 하는데 이런 가능성을 스스로 실현할 수 있는

자율적 역량을 길러주어야지 어느 한 부분의 요구를 실현해 주는 수단이나 도구여서는 안된다는 것이다.

그러나 이러한 원론적 주장은 현실적으로 쉽게 지나치기 어려운 간극이 존재한다.

겉보기에는 한국에서 오랫동안 대학의 자율성을 중요시한 것처럼 보이지만 일제 강점기와 독재정권을

거치면서 그 목표는 앙상한 뼈대만 남아있었을 뿐이었다.  대학이 비판적 지식인의 요구를 실질적으로

받아들이기 시작한 때는 1987년 6월 항쟁을 전후해서인데 김대중,노무현 정부를 거치면서 대학민주화와

교권옹호에 힘썼던 상당수가 정권에 참여하여 지식생산을 위한 구조개혁의 필요성을 받아들인 것이다.

이들은 대학의 자율성과 민주주의를 위축시킬 위험을 감안하면서도 연구업적시스템이 과거의 이완된

지식생산 체제에 순기능을 할 수 있다고 보았고 국가적 차원에서 디자인된 연구 프로젝트와 연구비

지원이 진보적 학술운동에 도움이 될 것이라 낙관했던 것이다. 그러나 무한경쟁체제 속에 각 대학에

분산된 지식인들이 개별적인 수준에서 극복하는 것은 매우 어려운 일이었고 대다수의 재야 연구소 및

학문 공동체가 취업과 승진에 점수를 인정받는 제도화된 학회 체제로 빠르게 재편되었다.

이와 함께 시간강사와 같은 노동 빈곤층이 대거 양산되었고 1990년대 후반 이후 박사학위를 취득한

후속세대들은 저임의 산업예비군으로 전락했다.

이러한 상황은 대학 외부에서 자율적인 학문 공동체 건설이라는 새로운 흐름을 낳기도 했다.

특히 인문학과 사회과학을 전공한 지식인들은 제도화된 지식생산의 모델을 뛰어넘어 철학아카데미,

수유너머,지행네트워크 등 새로운 지식인 공동체를 실험하고 모색하는 작업에 열중했다.

이들 학문 후속세대는 제도화된 대학 체제에서 강변되는 실용적 지식과 생기없는 논문으로 고정된 지식생산을 비판하며

비제도적, 학제적 연구 지향, 국가와 시장으로부터 자유로운 지식생산의 실천을 실험하고 있다.