마닐라 대학살로 살해된 약 10만명의 희생자들은 필리핀에서 일어난 많은 전투들 중에서도 비교가 불가능할 정도의 대규모 학살이다. 그리고 이들 대부분은 전쟁에서 폭격이나 피해를 당해서 사망한 것이 아니라 일본군에게 학살되었다. 한마디로 일본군은 미군에게 얻어터지고서 도망가는 와중에 마닐라 대학살을 벌였다는 이야기이다.

일본군은 미친 듯이 건물을 파괴하고 민간인을 살해하고 여성들은 강간하고서 살해하는 등 무시무시한 대학살을 벌였다. 남겨진 자료와 증언들을 보면 혀나 목을 잘라버리거나 사람들을 심지어 어린아이까지도 태워서 죽여버리는 미친 짓을 저질렀다.

게다가 일본군은 아프고 정신이 불안정한 여성과 아이들을 죽일 때 탄약을 낭비하기 싫다는 이유로 그냥 태워 죽여버렸다. 일본군은 살아있는 사람들이 건물을 떠나는 것을 방지하기 위해 기관총을 가진 일본군들이 건물을 포위한 후에 문을 쇠사슬로 잠궈 버린 후 건물에 불을 질러버렸다, 물론 건물에서 탈출하는 사람이 있으면 기관총으로 쏴서 사람을 가구로 만들어버렸다.

거기에 일본군은 이른바 참수 파티를 벌였는데, 그들은 남성들에게 자신을 묻을 무덤을 파라고 명령한 후에 무릎을 꿇린 다음 참수해 살해해버렸다. 일본 우익들 일부에서는 마닐라 대학살극의 희생자 대부분이 미군의 무차별 공격때문에 발생했다고 주장하지만, 어떻게 그 수많은 희생자 중에서 많은 사람들이 대검에 찔린 상태로 한 곳에 몰려 있을 수 있는지는 설명하지 못하고 있다.

또한 일본군은 필리핀인들의 가슴을 칼로 절단하고 그들을 총검으로 찔러서 관통시켰다. 심지어 아이들의 성기를 잘라내는가 하면, 마구잡이로 사람들을 총검으로 찔러서 사망하게 했다. 증언에 의하면 불타는 집에서 자신의 소지품을 구하려고 집으로 돌아간 한 남자는, 일본군이 화염 방사기로 집에 불을 질러 버려서 살해했으며 다행히 몇몇 사람들은 살아서 탈출했다고 한다. 의료 책임자들에 의한 진술서를 보면 Amnesse이라는 여자아이의 양쪽 젖꼭지를 잘라버리고 가슴과 복부에 총검을 찔러서 상처를 냈으며, 10세 소녀는 팔이 절단되었으며 2세부터 10세까지로 이루어진 소년 다섯은 심한 화상을 입었고 화상의 후유증으로 고통받았다. 당시 증언 내용

"일본군들은 미쳐 날뛰었어요. 그들은 궁지에 몰리게 되자 정말 미친 사람들처럼 흥분을 해서 죽이고 파괴를 하는데 마치 정신병자들이었죠. 일본군들은 어린애들을 찔러 죽이고 길거리에 나와 있는 부녀자하고 노인들을 총으로 쏴 죽이고 또 집집마다 불을 지른 뒤 안에 있던 사람들이 뛰쳐나오면 그들에게 마구 총격을 퍼부어 대었죠. 그들은 또 엘리베이터에서 소녀들을 떼거리로 잡아서 메이거 호텔로 데려갔는데, 전 그 아이들이 강간당하는 날 비명소리를 들었어요."

또한 어떤 건물에는 불을 지르고 사람들을 대검으로 찔러대서 대략 50명의 사람들을 죽인 사건이 일어났는데, 이 정도 학살은 당시에 일본군이 마닐라에서 자주 벌인 만행이라 얼핏 봐서는 그닥 특별해 보이지 않을 것이다. 수십 명씩 칼로 찌르고 불태워 죽인게 특별해 보이지 않을 정도인 개막장 일본군 문제는 그 건물이 다름 아닌 스페인 영사관이었다는 것이다!!! 그것도 국기까지 당당하게 게양된 건물이였던 것!

비록 스페인이 중립국이라고는 하지만 엄연히 추축국에 친한 세력이었는데다, 당시 친일적 친독적이던 중립국들도 잇따라 연합국에 가담하던 상황에서 스페인은 일본이 가진 정말 몇 안되는 우호적인 국가 중 하나였다. 한마디로 외교적으로 보았을 때 스페인 영사관은 그 개막장인 학살극이 벌어지는 곳에서도 절대로 일본이 건드려서는 안될 곳이었다. 그러나 마닐라에 있던 일본군에게는 그딴 거 없다. 한마디로 학살은 우방국이든 적국이든 아주 공평하게 이루어져야 한다는 평등주의적인(?) 사상을 가졌던 것이다.

물론 스페인에서는 이 학살 소식을 알게 되자 노발대발했고[2][3] 결국 4월 11일에 벌어진 이 학살극은 스페인이 일본과의 외교관계를 단절하는 원인이 되었다. 그렇게 일본은 유럽에 몇 남지 않은 중요한 우호적인 외교 채널을 잃어버렸다.

결국 이러한 무자비하고 잔인한 대학살로 인해 마닐라에 있는 건물의 30%가 파괴되고 민간인 약 125,000명이 학살 당했다.