앞서 서술되었다시피 무안공항은 1993년 아시아나항공 733편 추락 사고로 인해 목포공항의 민항기 운용능력에 대한 문제제기로 지어졌다. 아시아나항공 733편 추락사고 참고.

2008년도 광주 정치권의 요구를 바탕으로 국방부는 무안공항에 공군기지 설치가 문제 없다는 연구용역 결과를 발표했다. 2010년 광산구의 한 국회의원이 이 연구용역 결과를 바탕으로 공군에 무안에 공군기지 이전이 가능한지 질의했다. 공군은 전라남도와 광주광역시가 합의하면 옮길 의향이 있다고 답변했다.

이러한 설이 나도는 이유는 전남도와 무안군의 행태에 있다. 무안공항은 목포공항의 대체로 광주공항은 별개 운용될 예정이었다. 국제공항으로 운영될 계획은 없었던 것이다. 80년대 민정당에서 대선용으로 뿌린 국제공항(양양, 무안) 떡밥을 물고 늘어져 국민의정부 시절 국제공항으로 용도가 변경되었다. 전남도가 목포공항 수요로는 국제선 유지가 어렵다는 사실을 깨닫고서는 건설교통부에 지속적으로 징징거린바 광주공항의 국제선이 강제로 무안으로 이전하게 되었다. 막상 무안공항의 실적이 좋지 않자 전라남도에서 광주공항의 국내선 이전까지 요구하는 염치 없는 짓거리를 한 것이다. 이에 빡친 광주 정치권이 국내선도 줄 테니 공군기지도 가져가라고 맞대응한 사실이 있다. 당시 광산구 국회의원 두 명인 김동철과 이용섭 모두 DJ 시절 고위관료였고, 특히 이용섭 의원은 무안국제공항 개항 직전까지 주무부처인 건설교통부 장관이었는데 국제선 이전에 아무 말도 하지 않았다.
자세한 내용은 무안군의 님비현상 참고

광주공항에 대한 광주광역시 내부 의견차가 미묘하다. 시 측에서는 오래 전부터 공군기지 이전을 희망해 왔다. 상무대와 공군기지를 이전시켜 남는 부지를 광주의 미래 핵심지역으로 삼으려는 전략을 가지고 있었다. 상무대는 광주광역시의 희망대로 장성군으로 옮겨갔고 이곳은 현재 광주의 중심상업지구로 개발되었다. 그러나 공군기지가 계속 남아 상무지구의 소음은 심각한 편이고, 공항과 인접한 상무지구 서쪽은 개발이 더디고 김대중컨벤션센터 맞은편은 손도 못 대고 있다.[12]

상무지구나 송정에서는 공항기지뿐만 아니라 민항기까지 옮겨가기를 희망하는 의견을 내기도 한다. KTX 떡밥과 엮여서 공항부지를 역세권으로 개발하자는 의견도 있다. 광주송정역은 바로 옆에 있다고 할 정도로 가깝고 호남고속선의 최고 주요역인데 역세권이 매우 빈약하다. 반면, 공군기지 이전은 당연히 찬성하지만 공항은 반드시 유지해야 하며 무안에 빼앗긴 국제선도 다시 가져와서 나름 잘 돌아가던 광주국제공항 시대의 모습을 되찾자는 의견도 있다. 공군기지가 유지되면 공항 시설도 계속 유지될 테니 관심 없는 사람들도 있다.

2015년 1월에 이낙연 전라남도지사가 군공항, 국내선을 무안공항으로 패키지 이전하는 안에 동의했다. 광주광역시 광산구도 이에 환영의 뜻을 나타냈다. # 광주에서 무안공항은 KTX가 가고, 광주보다 훨씬 거대한 경제권인 여순광에는 이미 여수공항이 있으므로 꽤 괜찮은 안이 된다. 전남도청에서 20km, 광주광역시청에서 45km. 목포에서는 김포공항 수준, 광주광역시에서는 인천공항 수준.

2018년 8월 기준 광주광역시에서 광주공항의 민간기능과 군공항 역할을 완전히 무안공항으로 넘기기로 하였다. 하지만 전라남도에서는 군공항은 다른부지를 몰색 하기도 했다. 그러나 김영록 전라남도지사는 2023년 5월 큰 절 까지 해 가며 군공항 통합 이전을 촉구하고 있다. 광주공항, 광주공항/공항 이전/후보지 등 문서도 참고할 것.

이런 논란과는 별개로 무안공항에는 해군 소속 CARV-ll 항공기 2대가 주둔한다. 이들은 해군항공사령부 609교육훈련전대 비행교육대대 소속 항공기들이다. 609전대가 포항경주공항에서 목포로 이전하면서 항공기는 무안공항에 오게 되었다. 2007년도에 목포공항 비행안전구역 범위가 대폭 축소되면서 "지원항공작전기지"에서 "헬기전용작전기지 겸 예비기지"로 전환되었다. 목포공항에 있어야 할 항공기들이 무안공항에 주둔하는 데에는 이런 사정이 있는 것이다. 물론 비행교육대대 소속 회전익 항공기들은 목포공항에 있다. 하지만 포항공항과는 달리, 무안국제공항은 본격 군공항이 아니라서 민간공항에 얹힌 형편이다. 이 때문에 본격적인 지원 시설은 없이 파견대 형식이기 때문에 태풍이나 폭설이 전남 지역에 올 것으로 예상되면 전라도와 경상도를 가로질러서 해군항공사령부가 위치한 모기지인 포항공항으로 피항하는 실정이다. 2015년 3월 현재, 2014년 7월부터 시작된 포항공항의 활주로 재포장 공사 관계로 해군 소속의 모든 CARV-II 5대가 무안에 주둔하게 되었다.