선례가 없었던 중앙합동지원반의 적극적인 지원을 받으면서 진행되었던 부처간의 협의들은 산업단지 개발 신청이 있고 일정의 막바지에 달하자 더욱 활발해졌다. 그동안 경기도가 현안별로 다각적인 설득 과정을 경주해 온 결과 이미 어느 정도의 잠정적 협의는 이루어져 있었다. 경기도에서는 산업단지지정 절차를 위해 관련기관에 공식협의를 요청하기에 이르렀고 2003년 7월 23일 현재 39개 관련 부서의 협 의회신이 완료됨으로써 파주 LCD첨단산업단지 지정은 초읽기 국면에 들어가게 되었다. 39개 관련기관의 공식 협의 완료 산업단지 지정을 위한 도시계획심의회를 며칠 앞둔 시점의 경기도에는 39개 관련 부서들의 공식적인 협의 문서가 속속 도착하고 있었다. 모든 관련 부서의 협의가 완료되어야만 산업단지 지정을 받을 수 있 었기 때문에 경기도의 프로젝트 관련자들을 마지막 긴장을 늦출 수 없었다. 7월 21일 현재 39개 협의기관 중 2개 기관의 협의문서가 도착하지 않고 있었다. 바로 농림부와 산림 청의 협의문서. 그러나 7월 23일까지는 협의를 완료해 준다는 약속을 받아 놓은 상태였다. 드디어 7월 23일, 39개 기관 중 마지막까지 애를 태우게 했던 농림부와 산림청의 협의회신이 도착했다. 이로써 경기도는 산업단지지정을 위한 관련기관의 공식협의 과정을 모두 마치고 도시계획심의회와 산업단지심의회의 심의과정만 무사히 통과한다면 산업단지지정 승인을 받을 수 있게 되었다. 주요현안별로 협의내용을 살펴보면 다음과 같다. 농업진흥지역 해제 동의 산업단지예정지구 내에 있는 농업진흥지역(68,000여 평)의 해제동의는 농림부와 의견 합의를 이미 본 상태였다. 단 농림부에서는 7월 21일 농지전용심의조정위원회를 개최한 후 7월 23일에 회신을 보내 주었다. 사유림과 교환하기로 협의 산업단지 예정 지구 내에는 8.8ha에 해당하는 보존 국유림이 있었다. 산업단지 개발 시에는 보존국 유림이 3ha를 초과할 수 없다는 산림청 고시로 인하여 산림청과 경기도가 지속적으로 협의해 온 결과 산업단지 조성이 가능하도록 지원해 줄 것을 약속 받았다. 단 산림청은 사업시행자(경기지방공사)가 사 유림을 취득하여 실시계획 승인 시점인 2004년 3월까지 교환한다는 조건으로 동의를 해 주었다. 문화재지표조사 결과 문화재청으로부터 문화재지표조사 결과에 대한 협의회신은 6월 28일 도착했다. 문화재청에서는 시 굴조사대상 7개 지역 중 2개 지역을 우선 표본시굴하기 위해 토지소유자의 토지사용승낙서를 확보한 상태였는데 시굴조사 과정에서 유물이 다량 출토될 경우 산업단지 조성사업이 지연될 우려가 있었다. 하천의 선형 변경 서울지방국토관리청의 '만우제하천개∙보수공사'에 따라 하천의 자연선형을 유지해야 한다는 의견이 있었으나 경기도의 입장에서는 LPL사의 공장 배치상 하천의 선형을 유지하기가 불가능했다. 따라서, 경기도 지방하천관리위원회의 심의를 거쳐 하천의 선형을 변경하는 것으로 결정되었다. 그러나 서울지 방국토관리청에서 개∙보수 공사에 투자한 사업비 22억 원 중 매몰비용 18억 원을 제외한 나머지 비용 을 경기도가 보상해 주기로 했다. 사전환경성 검토 결과 한강유역환경청으로부터 사전환경성 검토에 대한 협의 회신이 7월 10일 도착했다. 단 조건부 동의 사 항에 대해서는 실시계획에 반영하고 환경영향평가에 철저히 대비한다는 조건이었다. 국방부로부터 군사협의 회신 월롱산 회의 이후 반전을 맞았던 군 작전성 협의는 그 이후 순조롭게 진행되어 군 부대측에서 국방부 로 "군 작전성 검토 결과 동의한다"는 공문을 송부하였고 산업단지지정 승인을 목전에 앞둔 시점인 7월 10일 국방부로부터 군사협의에 대한 최종적인 회신을 보내 왔다. 단 협의과정에서 요구한 군 대체 시설물에 대해서는 파주시와 관할 군부대에서 별도 협약을 체결하고 산업단지 지구 내 진지이전 및 기존 진지를 보강해 주고 대전차 방벽 및 고가낙석을 설치한다는 등의 조 건이 있었으며 진지이전 비용은 경기도가 부담하기로 했다.