그 순간, 타키의 수난이 시작되었다. "내가 주운 건, 저승사자였구나" ......새로운 닌자슬레이어, 마스라다 카이의 암흑의 여행길의 막이 지금 열린다!

닌자슬레이어의 원수「사츠가이」는, 닌자를 찾아가 그 자에게 새로운 힘을 내려준다. 닌자슬레이어는 사츠가이와 접촉한 닌자를 습격해, 흔적을 파헤친다!

사츠가이 접촉자의 네트워크 선즈 오브 케오스의 꼬리를 잡은 닌자슬레이어는, 미쳐버린 사츠가이 숭배자와 조우한다. 그리고 자아를 가진 아름다운 오이란드로이드「코토부키」가 등장!

보로부두르, 욕야카르타. 사악한 군주 샨 로어가 지배하는 밤의 나라를 방문한 닌자슬레이어. 그가 가는 곳에 나타난 흑등의 닌자「사츠바츠나이트」는 누구인가?

사츠바츠나이트=후지키도 켄지는 어째서 욕야카르타에? 그 이유는 오카야마현의 드래곤 도죠를 습격해, 신기들을 빼앗아 간 리얼 닌자들에게 있다! 적에 의해 도죠가 박살났다면 그 적 역시 박살낼 뿐. 사츠바츠나이트는 보로부두르의 왕에게 도전한다!

피자 타키. 닌자슬레이어가 숨어 있는, 정보상 타키의 본거지...... 표면상으로는 냉동 피자를 셀프로 구워 먹는 피자 바이다. 주의 깊은 행동에 의해서, 닌자슬레이어와 피자 타키의 관계는 지금까지 알려져 있지 않았다. ......그 남자,「아모크웨이브」가 찾아내기 전까지는. 아모크웨이브는 사츠가이 접촉자이자, 가공할 추적자이자, 사이코패스 살인귀! 닌자슬레이어가 부재중인 피자 타키를, 전례 없는 위기가 덮친다! 타키는, 코토부키는, 살아남을 수 있을 것인가!?

자아를 얻은 오이란드로이드는 우키요라고 불리며, 어떤 이는 인간 사회에 녹아드는 한편, 어떤 이는 외딴 땅에 공동체를 이룬다. 그 존재를 TV 방송을 통해 알게 된 코토부키는, 동료들을 만나기 위해 네오 사이타마를 뛰쳐나간다. 그녀를 기다리는 가혹한 운명은!?

현기증이 나는 4차원 마술 도시 디지 프라하. 미궁 도시 한복판에서 만난 것은 뜻밖의 협력자, 멋쟁이 코르벳! 마술 닌자의 항쟁과 사츠가이 접촉자의 음모를 둘러싼 싸움은, 이윽고 나라쿠 닌자를 노리는 전사들의 침공으로 귀결된다!

『에-, 다음은 이나마미. 이나마미 역입니다. 차량 연결 트러블이 있었기 때문에, 현재 8량으로 운행하고 있습니다만, 여러분은 시간대로입니다. 원인은 조사중입니다』「밀지 마!」「야메로!」「늦는다구요!」통근 러시 만원 전철에 밀려드는 사라리맨 무리! 발을 땅에 붙이는 것조차 곤란한 인내 장치 안에서 벌어지는 극한 전투! (왜 나는 이런 장소에 있는 거지) ......그래도 닌자슬레이어는 적을 쫓는다!

만원 전철의 전원 사망을 가까스로 막은, 그로 인해 탈진한 닌자슬레이어를 강에서 끌어올린 것은 소우카이 식스게이츠의 전사, 갈랜드였다. 닌자슬레이어를 쫓던 그에게 감금된 마스라다는, 공포의 스시 토처링을 받는다!

다음 표적은 데시케이터...... 기업 매수를 반복해, 약값을 끌어올려 팔아먹는 경제형 사악 닌자로, 무적의 미나즈키 드론 짓수 사용자! 정공법으로 그를 쓰러뜨리는 것은 곤란하기 짝이 없다. 오엘로 변장하고 잡입한 코토부키, 뜻밖의 협력자와 함께 소셜 해킹을 시도하는 타키, 그리고 그들이 뚫은 필사의 균열을 카라테로 열어젖히는 것은 닌자슬레이어다!

공중요새 오무라 엠파이어에서 나스카 유적으로! 세 번째 사츠가이 접촉을 노리는 브래스하트에 맞서는 닌자슬레이어! 그리고 검은 토리이와 황야의 광경이 출현하고, 팔방수리켄이 날아온다. 사츠가이란 무엇인가. 시즌 1 최종화!

사악한 닌자「제이드마무시」의 눈앞에 닌자슬레이어가 나타난다.

항구도시 싯카. 수어사이드는 야쿠자 조직의 트러블 대처를 재촉받는다.

과거 네오 사이타마에서 함께 살았던「서클 시마나가시」의 닌자들이 다시 집결한다.

아마존 강 유역을 방황하는 코토부키는, 수수께끼를 방불케 하는 바이오 닌자 집단「사와타리 컴퍼니」와 조우한다.